Em Alexandria, Alejandro Amenábar nos mostra a faceta do fanatismo que se encontra em toda e qualquer religião, não importando o contexto e a época. O interessante é mostrar uma realidade diferente daquelas que estamos acostumados a ver nas aulas de História: a perseguição aos cristãos. No filme, vemos o outro lado, dos cristãos que foram implacáveis com os pagãos na expansão do cristianismo.
No entanto o filme mostra o cristianismo como uma religião de escravos e desprotegidos, mas sabemos que não apenas foi assim. As discussões sobre religião pontuam o filme. Num primeiro momento são os conflitos entre cristãos e pagãos, noutro são cristãos contra judeus. Os conflitos não param... até hoje.